A história da Clínica Ginecológica da Faculdade de Medicina e Cirurgia de São Paulo teve início em 31 de outubro de 1917, quando a Congregação da Faculdade indicou Arnaldo Vieira de Carvalho para Lente Catedrático de Ginecologia. A Clínica Ginecológica era a 4ª Cadeira do 5º ano, o último do Curso Curricular.
O novo Catedrático, Chefe da 1ª Enfermaria de Mulheres da Santa Casa, onde foi instalada a nova Clínica, proferiu sua aula inaugural no salão nobre da Santa Casa, em 4 de março de 1918. Ele era também político e cidadão do mundo com ampla cultura. No exercício de seu cargo de Professor, que acumulava com o Diretor da Instituição, Arnaldo revelou seus dotes de grande cirurgião. Seus assistentes foram José Ayres Netto, Egidio de Carvalho e Nazareno Orsesi. Manoel Feliciano de Carvalho era o anestesista da equipe cirúrgica, tendo sido o primeiro a empregar o clorofórmio em operações. "Se há exagero em afirmar que Arnaldo Vieira de Carvalho foi o criador da ginecologia operatória entre nós, é incontestável que foi aqui o vulgarizador das grandes intervenções ginecológicas", no dizer de Moraes Barros. Arnaldo foi paraninfo da 1ª turma de doutorandos da Faculdade, em 1918. Foi um prêmio merecido àquele que dedicara grande parte de sua vida à Instituição. Eis, a seguir, um trecho do discurso do ilustre paraninfo. "Norteados por interesse ou por vocação, ides partir levando, a mais do que levamos nós, o sério encargo de levantar bem alto uma nova fama - a reputação da Faculdade de que sois os primeiros arautos pelo mundo fora". As gestões de Arnaldo Vieira de Carvalho como Diretor e Lente Catedrático de Ginecologia encerraram-se prematuramente. Sua morte ocorreu em 5 de junho de 1920, alguns meses depois de ter, em 25 de janeiro do mesmo ano, presidido a cerimônia de lançamento da pedra fundamental do edifício atual da Faculdade, no bairro de Araçá.
Após o falecimento do primeiro Professor da Clínica Ginecológica, assumiu a regência da Cátedra seu 1º assistente, Doutor José Ayres Netto. Naquela época, esboçou-se, na Faculdade, movimento visando a não realização do concurso para o preenchimento da vaga em questão, entregando-se o cargo ao regente em exercício. O assunto provocou intenso debate, inclusive com a participação da imprensa que, em uníssono, se manifestou a favor da abertura do concurso. Reunida a Congregação da Faculdade, este órgão colegiado resolveu por sua realização, marcando o início do concurso para 21 de fevereiro de 1921. Inscreveram-se como candidatos José Ayres Netto, Luciano Gualberto, Nicolau de Moraes Barros, Nelson Libero e Passos Cunha. Foi nomeada, pela Congregação, a Comissão Examinadora integrada pelos Professores A C Camargo, Alves de Lima, Oliveira Fausto e Silvio Maia, tendo como Presidente o Professor Edmundo Xavier, Diretor da Faculdade de Medicina. O desenrolar das provas foi um acontecimento memorável na vida da Faculdade, principalmente pelo número e pela alta qualidade dos que pleiteavam o cargo. A imprensa deu grande divulgação ao evento, publicando as credenciais, as fotografias dos candidatos e acompanhando, dia-a-dia, o andamento das provas. O concurso constou de prova escrita, julgamento do currículo, prova didática e prova prática, esta desdobrada em exame clínico de uma paciente e operação em cadáver. Saiu vencedor, por indicação da Banca Examinadora, Nicolau de Moraes Barros, cuja escolha foi referendada pela Congregação, em sessão de 23 de março de 1921. O novo Catedrático não conseguiu iniciar o Curso de Ginecologia, logo no início do ano letivo, como pretendia, pois surgiram entraves de ordem burocrática, que muito o contrariaram, relacionados à instalação de seu Serviço, no Hospital da Santa Casa, no dizer do próprio Professor. Assim, as atividades didáticas, somente foram iniciadas a 17 de julho de 1921, quando Moraes Barros proferiu sua magnífica lição inaugural. Foi Moares Barros quem estruturou o ensino de Ginecologia na Faculdade, embasando-o com programas específicos. Nicolau de Moraes Barros afastou-se das lides universitárias, em 18 de agosto de 1944, pela aposentadoria compulsória, e faleceu em março de 1959, com 83 anos de idade. Sucedeu-lhe na Cátedra o Professor José Bonifácio Medina, após ser aprovado em concurso realizado em maio de 1945. Durante a sua gestão, em 1948, a Clínica Ginecológica da Faculdade de Medicina deixou o Hospital da Santa Casa e instalou-se no 10º andar do novo prédio do Hospital das Clínicas, onde permanece até hoje. A partir de então a Ginecologia passou a ser lecionada no 5º ano do curso e o programa elaborado, que permaneceu vigente até 1962, era extenso, formulado para concursos de Cátedra e Livre-Docência.
Antes da aposentadoria do Professor Medina, houve uma reforma da carreira universitária, através da Lei de Diretrizes e Bases, que extinguiu as Cátedras e estabeleceu os Departamentos, integrados por Disciplinas, como unidades mínimas de estrutura das Faculdades. Na ocasião, encontrava-se vaga a Cátedra de Clínica Obstétrica, em virtude do falecimento do Professor Raul Briquet, em 4 de setembro de 1953, criou-se o Departamento de Obstetrícia e Ginecologia, tendo a Congregação atribuído ao Professor José Medina a Direção do Departamento, integrado pelas Disciplinas de Obstetrícia e Ginecologia. Constituído o Departamento, a Chefia de Clínica Ginecológica foi exercida pelo Professor José Galucci e a de Clínica Obstétrica, pelo Professor J. Onofre de Araújo que, após sua aposentadoria, foi substituído pelo Professor Domingos Andreucci ambos, figuras de proa da nossa Obstétrica e Ginecologia. O Professor J. Onofre de Araújo teve durante muitos anos o Prol. José Aristodemo Pinotti como discípulo direto a quem ensinou a arte de partejar. Em 1965, criou-se no Hospital das Clínicas a Residência Médica do Departamento de Obstetrícia e Ginecologia. Indicado pelo Professor José Medina, o organizador e primeiro Chefe da Residência da Clínica Ginecológica foi o Professor Carlos Alberto Salvatore. Antes da aposentadoria de Medina, as duas Disciplinas do Departamento haviam sido separadas, novamente. José Medina deixou a Cátedra, por aposentadoria em 20 de abril de 1970 e faleceu em 31 de maio de 1993, aos 93 anos de idade. Com a aposentadoria de Medina, assumiu a Regência da Disciplina José Galucci, Professor Adjunto do Departamento. Seu período de Regência foi interrompido, seis meses após, por motivo de doença. O cargo de Professor Titular de Ginecologia foi assumido, por concurso, pelo Carlos Alberto Salvatore, que continuou o trabalho de seu Mestre, o Professor José Medina e ampliou o Serviço, criando novos setores de atividades e reestruturando outros. Na gestão do Professor Carlos Alberto Salvatore realizaram-se dois concursos de títulos, para Professor Adjunto, de acordo com o Regimento da Faculdade. O primeiro, em 1973, com a indicação do Professor Álvaro da Cunha Bastos, e o segundo, em 1981, com a indicação do Professor Aurélio Zecchi de Souza. Ambos os Adjuntos exerceram a Chefia de Clínica, após os concursos referidos. Houve, também, concursos de Livre-Docência, habilitando-se os médicos que já possuíam o título de doutor. O Professor Carlos Alberto Salvatore encerrou sua atividade universitária, pela aposentadoria, em 19 de abril de 1987. O Professor Associado Aurélio Zecchi de Souza assumiu a Regência da Disciplina, até o concurso para preenchimento da vaga de Professor Titular. O concurso foi iniciado em 18 de junho de 1988, ao final das provas o Professor José Aristodemo Pinotti foi aprovado com distinção e louvor. Ele nasceu na cidade de São Paulo, em 20 de dezembro de 1934 e formou-se na Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo, em 1958. Voltava à casa por concurso após haver feito sua carreira acadêmica com concursos de doutor, livre docente e Professor Titular de Obstetrícia e Ginecologia na Unicamp, na qual foi Diretor da Faculdade de Ciências Médicas e Reitor. Ao assumir a posição de Professor Titular da Disciplina de Ginecologia, o Professor Pinotti reformulou a estrutura administrativa da Clínica, implantando novos serviços e adquirindo equipamentos necessários ao ensino, à assistência e à pesquisa. Outro aspecto importante da administração do Professor Pinotti foi o lançamento de uma nova revista, em colaboração com a Disciplina de Obstetrícia, posto que a última publicação periódica fora interrompida. Assim foi lançada a "Revista de Ginecologia & Obstetrícia", em abril de 1990. A produção científica da Disciplina de Ginecologia, sob a direção do Professor José Aristodemo Pinotti, cresceu de forma significativa, traduzindo-se pela publicação de artigos em revistas nacionais e particularmente estrangeiras, com impacto na literatura internacional.
